雨のそぼ降る丑三つ時に“かごめ歌”を聞いた若い女性が失踪、
現場には必ず“銀の鱗”が残されているという怪事件が続発していた。
その事件に巻き込まれた女子高生・楓と共に、謎の解明に乗り出した鬼太郎たちは、
その原因が千年の時を経て蘇った悪霊の仕業であることを知る。
悪霊の呪いを封印するために必要な古の“楽器”を求め、
古地図に記された「天」「地」「海」の場所へ旅立つ一行。
だが、この事件の裏側には、かつて許されざる境を越え、
無残にも引き裂かれてしまった妖怪と人間の悲しい恋物語があった…。