海を臨む崖の一軒家に住む5歳の少年・宗介は、
瓶に入り込んで動けなくなっていたさかなの子・ポニョを助けた。
一緒に過ごすうちにお互いのことを好きになる2人だが、
ポニョの父親・フジモトによってポニョは海へ連れ戻されてしまう。
それでも宗介を想い、人間になりたいと願うポニョは、
妹たちの力を借りてフジモトの蓄えた魔法の力を盗み出し、
再び宗介の元を目指すが……。